A sinistra dell’altare vi è un altarino con l’immagine mariana più antica della città: si tratta di un simulacro della Madonna delle Grazie, in terracotta policroma, risalente al XVI secolo. In posizione speculare un altro altare è intitolato a San Francesco. In prossimità della porta che conduce in sacrestia è collocato il prezioso fonte battesimale in pietra tufacea, che mostra influssi arabi nei disegni scolpiti di palme stilizzate e archi a sesto acuto. Lo sovrasta il Crocefisso dello Staglio, proveniente dalla chiesa di Santa Maria degli Angeli, una tempera su tavola considerata l’opera più preziosa qui conservata. Rimangono da annoverare un’urna cineraria romana, probabilmente del I sec., del liberto Diadumeno proprietario del terreno dove sorse l’abbazia, e frammenti di affreschi del XV secolo, con le immagini di Sant’Agostino e della visione di un incredulo durante la Messa celebrata da San Gregorio.

A fianco dell’Abbazia sorge il Museo Archeologico che conserva interessanti reperti degli scavi condotti in questa zona che anticamente era una necropoli. Da questa posizione si gode una meravigliosa vista panoramica sulla Valle dell’Imera, arrivando a scorgere in lontananza il profilo dell’Etna.