Già nell’antica Roma l’area oggi occupata dalla chiesa di Santa Maria sopra Minerva, nei pressi del Pantheon, era considerata sacra. Vi sorgevano ben tre templi: il Minervum, di epoca dominiziana, dove si rendeva onore a Minerva Calcidica, l’Iseum e il Serapeum, rispettivamente intitolati a Iside e a Serapide.
Dall’VIII secolo è documentato un oratorio dedicato alla Vergine, dapprima affidato alle cure delle monache basiliane fuggite da Costantinopoli per le persecuzioni iconoclaste e in seguito, nell’ultimo quarto del XIII secolo, divenuto cuore di un complesso conventuale domenicano altrimenti detto insulae sapientiae. A questi anni risale la costruzione della grande chiesa, raro romano esempio di architettura gotica, nonostante i molteplici interventi susseguitisi nei secoli. Nel 1280, infatti, su disegno dei domenicani fra Sisto Fiorentino e fra Ristoro da Campi, fu aperto il cantiere finanziato da un importante contributo di papa Bonifacio VIII e dai numerosi lasciti di semplici fedeli. Le essenziali linee gotiche allora impresse all’edificio furono cancellate dalle modifiche barocche apportate a tutto il complesso nel corso del XVII secolo, per poi essere ripristinate, in parte, quando i frati, negli anni Venti dell’Ottocento, rientrarono finalmente in possesso del loro convento dopo la soppressione napoleonica.