L’impianto dello spazio interno è quello tipico delle chiese a sala, dove l’altezza della navata centrale è pari a quella delle due laterali. La cappella di San Bernardino chiude la navata di destra. L’opera più importante è la sua pala d’altare, la Deposizione dalla Croce di Federico Barocci, annoverata tra i suoi migliori dipinti e realizzata tra il 1567 e il 1569. Nel transetto destro era collocata la Pala di Sant’Onofrio, di Luca Signorelli, ora al Museo dell’Opera del Duomo.

Un’immagine molto venerata di Maria, Madre delle Grazie, che qualcuno attribuisce al maestro rinascimentale Perugino e altri al suo discepolo Giannicola di Paolo, dal terzo pilastro della navata di destra accoglie i fedeli che entrano dalla porta a sud. Maria, incinta, è rappresentata in piedi, le mani alzate in un gesto di saluto ed accoglienza. La devozione mariana dei perugini si esprime anche nella gelosa custodia dell’ormai ribattezzato Sant’Anello, un monile di calcedonio che la tradizione vuole sia quello delle nozze tra Maria e Giuseppe. 

Conservato fino a metà del Quattrocento a Chiusi, venne solennemente traslato nella Cattedrale di Perugia nel 1488 e qui custodito in una cappella a lui intitolata. In occasione della ricorrenza del suo trasferimento nel mese di luglio e della festa del nome di Maria viene calato da un meccanismo a forma di nuvola d’argento ed esposto a beneficio dei fedeli. Per questa cappella il Perugino eseguì la celeberrima tela con lo Sposalizio della Vergine, ora in un museo francese. (pubblicato su La nuova bussola quotidiana del 30-8-2014)