Per accedere occorre attraversare un atrio ellittico che introduce allo spazio interno suddiviso in navate da imponenti colonne di granito, di epoca romana. Il Giaquinto , intorno alla metà del Settecento, realizzò lo splendido soffitto ligneo con l’apoteosi di Sant’Elena mentre precedente, quattrocentesco, è l’affresco che domina l’abside con il Cristo benedicente sotto cui corrono le Storie della Vera Croce. L’impresa pittorica, già attribuita al Pinturicchio, è oggi riconosciuta come uno dei capolavori del maestro Antoniazzo Romano. Nell’ipogeo, sotto la zona presbiteriale, si apre la Cappella di Sant’Elena dove, sotto il pavimento, fu sparsa la terra del monte Calvario, portata a Roma dall’imperatrice stessa. La volta, impreziosita da un mosaico antico fu restaurata nel Cinquecento da Melozzo da Forlì. La cripta accoglie un antico simulacro di Giunone, trasformato nell’immagine di Sant’Elena con l’aggiunta della Croce. Qui vennero custodite le preziose reliquie poi traslate nell’apposita cappella realizzata nella navata sinistra. La Basilica di Santa Croce in Gerusalemme è tappa del pellegrinaggio delle Sette Chiese. San Filippo Neri e i suoi amici vi si recavano per adorare le tracce della Passione di Gesù, nell’ultimo tratto del loro cammino.