A Sant’Alessio, Sant’Ermenziana, Sant’Eustachio e Santa Cecilia sono dedicati i quattro altari affacciati sull’ottagono creato dall’ incontro tra navata, abside e transetto, le cui volte sono decorate di stucchi dorati. Alla santa titolare, invece, è riservata una cappella nel lato nord, costruita, si presume, proprio sul luogo del martirio. Su uno sfondo di finta prospettiva si erge la statua della vergine, circondata da splendidi stucchi di Paolo Landini. L’altare maggiore e la sua pala absidale onorano le due Sacre Famiglie, quella di Maria Gesù e Giuseppe e quella di Anna, Zaccaria e San Giovanni. A Santa Francesca Romana, che in questa chiesa venne battezzata, è intitolata un’altra cappella: l’immagine della fondatrice  della Congregazione delle Oblate di Maria, protettrice della città di Roma insieme a San Pietro, ricorre nella pala marmorea di Domenico Guidi e nella volta affrescata da Francesco Cozza.

Al Borromini spetta anche la realizzazione della sacrestia, un ambiente rettangolare con angoli convessi, quadripartito in ingresso, nartece, aula e presbiterio, come le antiche basiliche paleocristiane.

La denominazione della chiesa, Sant’Agnese in Agone, è giustificata dal fatto che essa sorse in “campus agonis” ovvero il campo di gara dell’antico stadio di Domiziano. (La Nuova Bussola quotidiana del 21-1-2017)